Zapopani vallas Guadalajara linna lähedal asuva tseremoniaalkeskuse Ixtépete arheoloogilised jäänused ja Atemajaci oru enam kui kahekümne šahtkalme hiljutised leiud lubavad järeldada, et klassikalisel perioodil (200 BC-650 pKr)
Vahetult enne vallutamist asustasid orgu enamjaolt kookade ja tecuexide rühmad, kes olid kogunenud Tonallani võimust sõltuvates väikestes külades ja mille Nuño Beltrán de Guzmán 1530. aastal suurema vastupanuta esitas.
Järgmise aasta lõpus võttis Guzmán ette vallutamise põhja suunas, usaldades Juan de Oñate'ile Santiago jõe kuristiku ületamise ja võimalikult kaugele, kuid ettevaatusega, Hispaania elanikkonna üles leidmata. Nii asutati 5. jaanuaril 1532 Nochistláni ümbruses, praeguses Zacatecases, Guadalajara.
Asunike jaoks ebasoodsad tingimused põhjustasid selle linna üleviimise Tonalá'sse, kuid seal viibimine oli lühiajaline ja varsti pärast seda, kui hispaanlased asusid elama Tlacotani lähedale, kus nad püsisid kuni aastani 1541. Kakskaanide mäss, mida tuntakse paremini Mixtóni sõjana, mis Ta seadis Hispaania võimu tõsisesse ohtu, jõudis Guadalajara äärelinna. Pärast asekuningas Antonio de Mendoza juhitud võimsa armee poolt "tule ja vere" poolt maha pandud mässu saavutas linn rahu, kuid jäi ilma põlisrahvaste tööjõuta, nii et nad otsisid seda otsides elanikke kolima, leides piisava Valle de Atemajac, kus viimane ja lõplik sihtasutus tehti 14. veebruaril 1542. Hiljem kinnitati uudiseid, et peaaegu kolm aastat enne seda andis kuningas talle linna auastme ja privileegid.
1546. aastal lõi paavst Paulus III Nueva Galicia piiskopkonna ja 1548. aastal asutati samanimeline Audiencia; Mõlema jurisdiktsiooni peakorter oli algul Compostelas, Tepicis, kuni 1560. aastal määrati selle muutmine Guadalajaraks, tehes temast tollal Nueva Galicia kuningriigi pealinnaks nimetatud Guadalajara Audienciaks nimetatud laia territooriumi kohtujuhiks. piiskopkonna. Kuna iga Hispaania linn tõmmati välja nagu malelaud San Fernando väljakult ja ka kombeks, jäid Mexicaltzingo, Analco ja Mezquitáni põlisrahvaste linnaosad plaanist välja. Evangeliseerimisprotsessi alustasid frantsiskaanlased, neile järgnesid augustiinlased ja jesuiidid.
Järk-järgult, raskuste ja tagasilöökide, kuid ka õnnestumistega, kasvas Guadalajara ja kinnitas end majandus- ja jõukeskusena, nii et 18. sajandi keskpaigas soovis märkimisväärne arv Guadalajara jõukaid inimesi Nueva Galiciasse koos Nueva Vizcayaga integreerida täiesti välismaine asevalitsejaskond. Uus-Hispaaniasse - eesmärki ei saavutatud 1786. aasta poliitilis-haldusreformide tõttu, mis muutsid territoriaalset struktuuri, jagades kogu asevalitsuse 12 omavalitsuseks, millest üks oli Guadalajara.
Koloonia ajal, eriti 18. sajandil, jättis majandusbuum arhitektuuri-, kultuuri- ja kunstipärandi, mille tunnistused jäävad siiani kogu linna.
Kogu Uus-Hispaania territooriumil jooksnud iseseisvusmeelsed õhud tungisid Jaliscosse, nii et Vabadussõja puhkedes valla erinevates osades toimusid ülestõusud.
26. novembril 1810 sisenes Don Miguel Hidalgo, kes juhatas suurt armeed, Guadalajarasse ja teda võttis vastu José Antonio Torres, kes oli veidi enne linna vallutanud. Hidalgo andis siin välja orjanduse kaotamise dekreedi, tembeldas paberi ja alkabalad ning toetas mässuliste ajalehe El Despertador Americano trükkimist.
17. jaanuaril 1811 said mässulised Calderóni sillal lüüa ja Calleja rojalistlikud väed taastasid Guadalajara, võttes käsuks José de la Cruzi, kes koos piiskop Cabañasega hävitas mässu puhkemise.
1821. aastal välja kuulutatud iseseisvus püstitati Jalisco vaba ja suveräänne riik, jättes riigi pealinnaks ja võimude asukohaks Guadalajara.
Riigis suurema osa 19. sajandist valitsenud ebastabiilsus, mida süvendasid välismaised sissetungid, tegi selle keeruliseks, kuid ei takistanud riiki ja eriti selle pealinna arengut jätkamast erinevates tellimustes. Käegakatsutavad näited on: sajandi teisel veerandil riigiteaduste instituudi loomine; kunsti- ja käsitöökooli, botaanikaaia, vanglakaristuse ja Petlemma panteoni rajamine ning esimeste tehaste avamine.
Kaheksakümnendate aastate alguses ilmusid loomade veojõuga linnatrammid, elektrituli paigaldati 1884. aastal, 1888. aastal saabus esimene Mehhiko raudteeliin ja 1909. aastal Manzanillos asuv raudtee. Üheksakümnendatel asutas Don Mariano Bárcena astronoomia observatooriumi ja tööstusmuuseum.
Revolutsiooni ajal toimusid Guadalajaras mõned mässud Díazi diktatuuri vastu, näiteks töötajate streigid ja üliõpilaste meeleavaldused, ning Maderot võeti aastatel 1909 ja 1910 vastu isegi suure kaastundeavaldusega. Sõjakaid sündmusi tagajärgede osas siiski ei toimunud. Teisalt kannatas Guadalajara pealinn omamoodi stagnatsiooni, mis lõppes 1930. aastal, kui lepiti kokku Cristerose sõja poolt purustatud rahus, alustades moderniseerimise soovist, mis pole veel lõppenud.
Vt ka koloniaallinnad: Guadalajara, Jalisco
