Yaquisi ristiusustamine võimaldas religioonil 1609. aastal levida, tungides Sonora territooriumile.
Koloonia ajal vastas Sonora selle üksuse piires ainult Sierra Madre Occidentali nõlvadele. Yaqui jõest põhja poole kulgenud piirkonda, sealhulgas Real de la Cieneguillat, nimetati Pimería Bajaks ja põhjapoolsemat piirkonda sellest Realist kuni Colorado jõeni - juba praeguses Põhja-Ameerika Arizona osariigis - Pimería Alta.
Praegune Sonorani territoorium hõlmab ka väikest piirkonda, mis oli tollal Pimería edelas, mis asub Chihuahua ja Ostimuri osariigis - kohas, mis asub California lahe rannikul Mayo ja Yaqui jõe vahel.
1614. aastal ristisid misjonärid Pérez de Rivas ja Pedro Méndez maiad Ostimuri piirkonnas, jagades missiooni kolmeks piirkonnaks: Santa Cruz (Mayo suudmes), Navojoa ja Tesia.
Tepahues ühendati koos Cornicarisega aastal 1620. Isa Miguel Godínez asutas San Andrés de Cornicari ja Asunción de Tepahui missioonid . Samal aastal asutati San Ignacio rektoraat, mis koos eespool nimetatud viie missiooniga hõlmas Yaqui suudmes asuvaid Bacúmi, Toríni ja Rahúni missioone.
1617. aastal muutsid Yaquisi vanemad Pérez de Rivas ja Tomás Basilio. Vaatamata ülestõusudele, rahutustele, piinadele ja mõrvadele oli Sonora pöördumine kiirem ja tugevam. 17. sajandiks laiendasid jesuiidid Maycoba ja Yecora missiooni selle edelaosas, mida nad teadsid Chínipasena.
Missioonid Yaqui jõest põhja poole jagunesid neljaks rektoraadiks: San Borja missioonid rühmitasid: Cucumaripa ja Tecoripa missioonid , asutatud 1619; Movas ja Onovas, 1622; Sahuaripa 1627. aastal; Matape 1629. aastal; Onapa 1677. aastal ja Arivechi , Jaapani kolme püha märtri rektoraat, kuhu kuulusid 1627. aastal asutatud Batuco, 1640. aastal Oposura ja Bacadeguachi , Guazavad , Santa María Baceraca ja San Miguel Bavispe , asutatud 1645. Ja San Javieri rektoraat, mis integreeris Uresi missioonid 1636. aastal; Aconchi, Opodepe ja Banámichi 1639. aastal; Cucurpe ja Arizpe aastal 1648 ning Cuaquiárachi aastal 1655.
Aastal 1687 astus misjonär Eusebio Francisco Kino Pimería Altasse ja alustas Nuestra Señora de los Dolores rektoraadi missioone, asutades: Caborca, kuhu määrati Francisco Javier Saeta, kes peab kirjavahetust oma vaimse toega, isa Kino; Atil, Tubutama, Valude Jumalaema de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera ja Imuris.
Pärast jesuiitide väljasaatmist juhtisid missioonid frantsiskaane, kes enam ei ehitanud ja piirdusid vaid olemasolevate säilitamise katsega. Kui jesuiidid olid juba asutanud asundused Sinaloas ja Sonoras, pöörasid nad pilgu California territooriumile.
