Uue Hispaania põhjaosa asustamata aladele sisenenud usk kandis ideed muuta „barbaarsed“ rahvad ristiusku ja integreerida nad seeläbi ka poliitilisse ellu, et hiljem asutada nende poolt asutatud külades koolid ja linnad.
Nende eesmärkide saavutamiseks pöördusid vanemad alati relvastatud rühmade saatel paganate poole ja pakkusid neile kaitset kiriku ja Hispaania krooni eest vastutasuks kristliku hariduse saamise eest. Indiaanlased, kes võtsid vastu missiooni, kogunesid sinna missiooni ehitama, muutudes indiaanlaste varjupaigaks ning kohaks, kus õppida Euroopa põllumajanduse ja muid ameteid.
Kui rahustamine oli lõpule jõudnud, sai missioonist uus linn kirikuga, samas kui misjonärid kolisid mujale, et oma evangeelset tööd uuesti alustada. See süsteem oli riskantne, sest põhja-indiaanlased avaldasid kindlasti teatavat vastupanu, kuna nad olid vaenulikumad kui keskuses olijad ja põgenesid mägede poole.
Pühitsemine toimis lähtuvalt indiaanlaste maa jagamisest ja kaitsest kuulekuse eest. Neid, kes olid vastu, karistati, mässude korraldajaid aga hukati.
Kui põlisrahvaste hõim oli kokku pandud, integreeriti põhituum ehk pea, mis koosnes mitmest selle alluvuses olnud linnast ja asulast. Misjonärid elasid eesvoolus ja vastutasid vähemalt kahe külastatava küla eest. Kolm või enam misjonäri sõltus rektorist ja kohalikust külastajast. Need asutused moodustasid koos provintsi.
Kõigepealt püstitati kivist kirik ja selle ümber ehitati koos Adobe'iga majad evangeeliumi kavatsevatele vendadele, päike, täringud ja põlisrahvaste perekonnad ning üldiselt kool. Asutustes oli see, mida võiksime nimetada primitiivseks majandusstruktuuriks. Neil olid maa-alad harimiseks, maa külvamiseks, teede avamiseks ja niisutuskanaliteks; karjakasvatus, köögiviljad ja käsitööliste tegevus. Koolides õpetati katekismust, lugemist, kirjutamist ja muusikat.
Aja möödudes loobuti mõnest missioonist erinevate sündmuste tõttu, näiteks jesuiitide väljasaatmine 1767. aastal, hispaanlaste toodud haiguste levik, "barbarite" indiaanlaste rünnakud, ilmastikutingimused, pikad vahemaad. ja vähe raha nende ülalpidamiseks. Mõned on tänapäeval säilinud kirikutena ja teised moodustavad praegu suure tähtsusega elanikkonna. Mõnest missioonist on teada vaid nende algne asukoht ja teistest on järel vaid varemed.
Jesuiidid asutasid missioone Baja California Norte ja Sur, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, Põhja-Nayarit, osa Durangost ja Coahuilast. Pärast lahkumist asusid dominiiklased elama Põhja-Baja Californiasse, samal ajal kui frantsiskaanid evangeliseerisid Tamaulipas ja Nuevo León ning asendasid Lojala ordu misjonärid Baja California lõunaosas Sonoras, Sinaloa, Chihuahua, Nayarit, Durango ja Coahuila. Põhjakeskuses, pärast Zacatecose mässu - mis takistas frantsiskaani missioonide jätkumist -, organiseerusid pärismaalased end kloostriteks.
1563. aastal tegi kapten Francisco de Ibarra ringkäigu territooriumile, mis hõlmab praegust Sinaloa osariiki, ja asutas mõned linnad. Need kestsid aga lühikest aega ja alles 1591. aastal tehti Nueva Vizcaya kuberneri korraldusega piirkonnas õigus evangeliseerida jesuiitide isad Gonzalo de Tapia ja Martín Pérez.
Religioon ületas sama aasta mais Sierra Madre Occidentali, sisenedes Nayaritist Acaponeta kaudu ja läbides Culiacáni, jõudsid nad kohale, kus 6. juunil 1591 asutasid nad oma esimese hoone: San Felipe de Sinaloa.
