Nende kaugete maade koloniseerimine saavutati tänu jesuiitide misjonäride rühma kõigutamatule tahtele ja väsimatule tööle, kes, teades, et vallutajad pole suutnud aborigeene alistada, otsustasid evangeeliumi neile tuua, saavutades seeläbi sõnaga, mida mida polnud relvade abil saavutatud.
Nii jõudsid misjonärid 17. sajandi lõpus jesuiidi Eusebio Kino entusiastliku initsiatiivil, kes sai Hispaania ametivõimudelt loa asuda admiral Isidro Atondo y Antillóni ekspeditsioonile, tollal arvatavasti saarele, oma taltsutamata elanikke evangeliseerima. Loa andmiseks oli kroon seadnud tingimuseks, et vallutamine viiakse läbi Hispaania kuninga nimel ja et misjonärid ise saavad ressursid ettevõtmise elluviimiseks.
Esimese missiooni Santa María de Loreto asutas 1697. aastal Tarahumaras viibinud isa José María Salvatierra, kelle isa Kino tegi ettepaneku suure töö teostamiseks. Santa María de Loreto oli üle saja aasta Californias poliitiline, majanduslik ja religioosne pealinn.
Järgmise kolmveerand sajandi jooksul rajasid misjonärid kaheksateistkümnest suurepärasest kindlusest koosneva keti, mida ühendas nende endi ehitatud nn kuninglik tee, ühendades poolsaare lõunaosas asuva Los Cabose piirkonna praeguse piiriga meie põhjanaaber; See oli võimalik, sest misjonäride hulgas oli kaplaneid, kellel olid teadmised ehitusest ja hüdrotehnikast.
Mõned neist hirmuäratavatest konstruktsioonidest säilivad ideaalses seisukorras, näiteks San Ignacio, üks ilusamaid ja paremini säilinud ehitisi, mille ehitas isa Juan Bautista Luyando 1728. aastal; 1699. aastal asutatud San Francisco Javieri oma, mis koosnes tagasihoidlikust Adobe kabelist ja Fray Francisco María Piccolo ehitatud preestri majast; praeguse hoone ehitas 1774. aastal isa Miguel Barco ja selle kauni arhitektuuri tõttu on seda peetud "Baja California Suri missioonide ehteks"; Santa Rosalía de Mulegé oma, mille asutas 1705. aastal isa Juan María Basaldúa, Loretost 117 kilomeetrit põhjas, oli see üks parimatest paikadest, kuna see ehitati mere äärde oaasi.
Missioonid ühendasid arhitektuuri ilu ja kaunistuse rikkuse praktilise keskkonnaga, mis võimaldas nende ümber luua püsiasustusi. Misjonärid mitte ainult ei evangeliseerinud aborigeene, vaid õpetasid neid kõrbe datlipalmidega viljakaks tegema; nad tutvustasid kariloomi ning maisi, nisu ja suhkruroo kasvatamist; Neil õnnestus panna maa tootma viljapuid, näiteks avokaadot ja viigimarju, ning veini ja õli nõudvate religioossete rituaalide täitmiseks said nad viinamarjade ja oliivipuu kasvatamiseks loa, mis oli ülejäänud uutes osades keelatud. Hispaania ja tänu sellele toodetakse piirkonnas suurepäraseid veine ja oliiviõli. Ja kui kõigest sellest ei piisa, tutvustasid nad ka esimesi nendel maadel õitsenud roosipõõsaid, mis tänapäeval kaunistavad kogu poolsaare parke ja aedu.
