Hidalgo lahkus Aguascalientesesse ja võttis kursuse Zacatecasesse. Zacatecasest käis Hidalgo läbi Salinase, Venado, Charcase, Matehuala ja Saltillo.
Siin tehti kindlaks, et peamised juhid parimate vägede ja rahaga lahkusid Ameerika Ühendriikidesse. Juba teel olid nad rojalistide poolt 21. märtsil Norias del Bajánis või Acatita del Bajánis vangi võetud. Hidalgo viidi Monclovasse, sealt lahkus ta 26. märtsil Alamo ja Mapimí kaudu ning 23. päeval sisenes Chihuahuasse. Seejärel moodustati protsess ja 7. mail tehti esimene avaldus. Hidalgo kiriklik olemus põhjustas tema kohtuprotsessi viivitamist rohkem kui tema kaaslaste oma. Alandamise karistus kuulutati välja 27. juulil ja 29. juulil hukati ta kuninglikus haiglas, kus Hidalgo vangistati. Sõjanõukogu mõistis vangi hukka relvastatud, mitte avalikes kohtades nagu tema kaaslased, ja ta tulistas rinda, mitte selga, säilitades nii tema pea. Hidalgo kuulis lauset rahulikult ja oli valmis surema.
Tema viimast päeva on kirjeldatud järgmiselt: „Tagasi vanglas pakuti talle šokolaadiga hommikusööki ja kui ta oli selle võtnud, palus ta, et talle pakutaks vee asemel klaasi piima, mille ta lõpetas erakordse isu ja naudinguga. Hetk hiljem öeldi talle, et käes on aeg piinamisele minna; Ta kuulis seda muutmata, tõusis püsti ja teatas, et on valmis lahkuma. Tegelikult tuli ta välja kohutavast kuubikust, milles ta viibis, ja olles sellest viisteist või kakskümmend sammu edasi liikunud, peatus ta hetkeks, sest valvuri ohvitser oli temalt küsinud, kas talle pakuti midagi viimase käsutamiseks; Sellele vastas ta jah, et tahtis, et nad tooksid talle maiustusi, mis ta oli jätnud oma padjadele: nad tõid need tõepoolest ja jagasid need samade sõdurite vahel, kes pidid tema pihta tuld tegema ja tema taga marssima, julgustas ja lohutas neid andestusega ja tema kõige armsamad sõnad neile oma ameti täitmiseks; Ja kuna ta teadis väga hästi, et tal oli käsk mitte pead lasta, ja ta kartis, et saab palju kannatada, sest oli ikka hämarik ja esemeid ei olnud selgelt näha, ütles ta lõpetuseks, öeldes: „Parem käsi, mille ma endale rinnale panen, on , mu lapsed, ohutu sihtmärk, kuhu peate minema ”.
"Piinamispink oli sinna viidud viidatud kooli siseruumi, erinevalt sellest, mida tehti teiste kangelastega, kes hukati nimetatud hoone taga väikesel väljakul ja kus monument praegu asub. see tuletab meile meelde ja uus kaubanduskeskus, mis kandis tema nime; ja kui Hidalgo teadis kohast, kuhu ta oli suunatud, marssis ta kindla ja rahuliku sammuga ega lasknud silmi silmad kinni siduda, palvetades tugeva ja tulise häälega psalm Miserere me; Ta saabus tellingutele, suudles teda resignatsiooni ja lugupidamisega ning vaatamata mõnele tülitsemisele, mis ei pannud teda istuma seljaga, võttis ta istme ette, pani käe südamele, meenutas sõduritele, et see oli kohas, kus nad peaksid ta maha laskma, ja hetk hiljem plahvatas viie vintpüssi väljalaskmine, millest üks läbistas parema käe tõhusalt, kahjustamata südant. Kangelane, peaaegu erapooletu, pingutas palvet ja nende hääl summutati, kui veel viis vintpüssi koonu plahvatati, kelle kuulid, möödudes kehast, purustasid sidemed, mis teda pingile sidusid, ja mees kukkus verejärve, ta polnud veel surnud; selle väärtusliku eksistentsi lõpetamiseks, mis oli austanud surma üle 50 aasta, oli vaja veel kolme kuuli. "
Päike oli vaevu sündinud, kui ta oli end juba avalikkuse ette seadnud, toolil ja märkimisväärsel kõrgusel ning täpselt oma välisküljel. Tema pea koos Allende, Aldama ja Jiménezi peadega pandi raudpuuridesse Guanajuatos Alhóndiga de Granaditas nurkadesse. Surnukeha maeti San Francisco de Chihuahua kolmandasse järjekorda ning 1824. aastal toodi pagasiruum ja pea Mehhikosse, et maetud suure pidulikkusega.
